האסיפה הכללית
האספה הכללית של חברות העמותה מתכנסת אחת לשנה. במסגרת האסיפה מתקיימות בחירות לוועד המנהל, בחירות לוועדת הביקורת ומועלים להצבעה נושאים עקרוניים העומדים על הפרק.
ועדת ביקורת
מופקדת על בחינת ההיבטים הכספיים של פעילות העמותה והניהול התקין שלה. המלצותיה מובאות בפני האסיפה הכללית לצורך בדיקה ואישור של הדו"ח הכספי השנתי.
הוועד המנהל
נבחר על ידי האסיפה הכללית ומכהן בתפקידו בהתנדבות. נושא באחריות לניהול התקין של העמותה ומנחה את פעילות העמותה ברמת החזון, יעדים ומדיניות.
מערך המתנדבות
הפעילות החיונית של עמותת מסל"ן מתאפשרת במידה רבה בזכות תרומתם של מתנדבות ומתנדבי מסל"ן, המקדישים לכך ממיטב זמנם ומרצם.
הלב הפועם של העמותה - במסל"ן מעל 150 מתנדבות ומתנדבים בתחומים השונים, דוברי שפות שונות.
הצוות השכיר
צוות מרכז הסיוg: מנהלת העמותה, רכזת סיוע, רכזת ליווי בהליך הפלילי, רכזת עולים, רכזת חינוך והסברה,רכזת הדרכת אנשי מקצוע, עובדי היחידה הטיפולית רכזת חינוך והדרכה, רכז חינוך, רכזת שגרירים צעירים, רכזת פיתוח תוכניות ומשאבים, רכזת אדמיניסטרטיבית.